Πρόκειται για μια κύστη η οποία γεμίζει με αρθρικό υγρό προξενώντας πόνο, δυσκαμψία και ένα αίσθημα <σφιξίματος> στο πίσω μέρος του γόνατος.
Η κύστη Baker οφείλεται στο ότι συνήθως υπάρχει κάποιο άλλο πρόβλημα μέσα στην άρθρωση του γόνατος, όπως αρθρίτιδα, κάκωση του μηνίσκου ή του αρθρικού χόνδρου ή οποιαδήποτε άλλη παθολογία δημιουργεί υγρό μέσα στην άρθρωση. Το υγρό αυτό ξεφεύγει προς τα πίσω σχηματίζοντας την κύστη. Επειδή υπάρχει επικοινωνία της κύστης με την αρθρική κοιλότητα, εφ’ όσον το ενδοαρθρικό πρόβλημα θεραπευτεί, συνήθως ξεφουσκώνει και η κύστη. Μπορεί ωστόσο να υποτροπιάζει συχνά αν το πρόβλημα έχει λυθεί μόνο προσωρινά.
Η χειρουργική αφαίρεση της κύστης ήταν πολύ δημοφιλής στο παρελθόν. Ωστόσο δεν μπορεί να γίνει με αρθροσκοπική τεχνική γιατί βρίσκεται εκτός της άρθρωσης. Γίνεται επομένως τομή στο πίσω μέρος του γόνατος, πράγμα που συνήθως αφήνει κακό κοσμητικό αποτέλεσμα. Επίσης, με την αφαίρεση της κύστης, τα συμπτώματα μπορεί να βελτιωθούν αλλά δεν θα εξαφανιστούν εφ’ όσον αφαιρεθεί μόνο η κύστη Baker και δεν διορθωθεί η ενδοαρθρική παθολογία που την δημιούργησε
